종합부동산세를 둘러싼 논란이 다시 불거지고 있다. 대법원이 최근 KT와 한국전력, 신세계 등 25개 기업이 관할 세무서장을 상대로 낸 ‘종합부동산세 부과처분 취소청구 소송’에서 원고 패소로 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 종합부동산세 가운데 일부가 이중 과세에 해당하므로 납세자에게 돌려줘야 한다고 최종 판단한 것이다. 이중 과세를 피하기 위한 국세청의 재산세 공제액 계산 방식이 잘못됐다는 게 판결의 핵심이다. 소송을 제기한 기업들은 더 낸 세금 180억여원을 돌려 받게 된다.

국세청은 종합부동산세가 이중 과세인데다 징벌적이라는 여론이 거세지자 이를 피하기 위해 지난 2008년말 개정된 종부세법과 시행규칙에 따라 2009년부터 새로운 부과체계를 적용했다. 종부세 과세기준을 초과한 공시지가에 공정시장가액비율(70~80%) 곱한 뒤 여기에 재산세 표준세율을 적용해 공제액을 계산해 온 것이다. 예컨대 1세대 1주택의 공시가격이 10억원이라면 종합과세기준(9억원이상)을 넘어선 1억원에 공정시장가격비율 80%를 곱한 8000만원을 종부세 과세표준으로 삼아 부과해왔다.

그러나 이번에 소송을 제기한 KT 등은 이 계산 방식에서 종부세 공정시장가액비율을 곱하는 부분을 빼야 타당한 공제액이 산출된다는 주장을 줄곧 펴 왔다. 즉 시장가액비율을 적용하기 전의 1억원을 기준으로 재산세를 공제해줘야 한다는 것이다. 법원의 1심은 이를 받아들여 원고승소판결을 내렸지만 항소심은 국세청의 계산 방식에 손을 들어줬다. 하지만 대법원은 1심과 마찬가지로 이를 세금초과징수로 판단한 것이다. 이에 대해 국세청은 시장가액비율을 적용하지 않으면 나머지 20~30%에 대해서는 종부세와 재산세 모두 부과되지않는 모순적 상황이 발생한다며 적극 대응 의지를 밝히고 있다.

하지만 대법원의 파기환송심 판단이 하위 법원에서 달라지는 경우는 극히 드물다. 또 종부세가 지난 2005년 노무현 정부 시절인 도입 당시부터 제기된 징벌적 과세라는 비난을 피하기도 어렵다. 특히 이번 판결로 줄소송과 25만명에 달하는 개인 납세자들을 감안하면 엄청난 종부세 환급 대란이 일어날 가능성도 배제할 수 없다. 벌써부터 2009년이후 돌려주지 않은 이중과세액이 수천억원대라는 관측이 제기될 정도다. 세금 부과는 공평성이 원칙이다. 차제에 과세 형평성을 감안하고 고령화등에 따른 부동산 시장환경변화를 고려해 종합부동산세의 전면 수정 내지는 폐지를 적극 검토해볼 필요가 있다.